Czynniki genetyczne mogą być jedną z wielu przyczyn zapalenia trzustki. Największe znaczenie mają mutacje w genie PRSS1 na chromosomie 7q34, genie SPINK1 na chromosomie 5q32 oraz genie CFTR na chromosomie 7q31.2 (który jest genem mukowiscydozy).
Mutacje te sprzyjają wewnątrzkomórkowej aktywacji enzymów trzustkowych, które prowadzić mogą do rozwinięcia choroby.
